מבקר המדינה עומד על כך שהתמשכותם של הליכי בחינת בקשותיהם של מבקשי מקלט, לעיתים לאורך שנים, פוגעת בזכויותיהם של מבקשי המקלט שיוכרו לבסוף כפליטים, שכן עד לסיום הליך ההכרה הם אינם מקבלים את הזכויות הבסיסיות המאפשרות קיום הולם בישראל. לפי הדו"ח, משרד הפנים לא נענה לבקשותיה של נציבות האו"ם לפליטים לסייע לה בהתמודדות עם עומס הטיפול בבקשות ולא בחן דרכים לייעל את הטיפול בבקשות ולקצר את משכו. כמו כן, ממצאי הביקורת העלו כי רק חלק מן הפליטים הזכאים לרישיון ישיבה ועבודה בישראל קיבלו אותו, וזאת משום שמשרד הפנים אינו פועל כנדרש על מנת ליידע פליטים בדבר זכויותיהם ובדבר אופן מימושן.

הדו"ח אף מבקר את המדיניות, לפיה מי שהוכר כפליט בישראל נותר במעמד ארעי, הנבחן בכל פעם מחדש. לדברי המבקר, מצב זה מביא לכך שהפליט שרוי בחוסר וודאות מתמדת לגבי עתידו. מבקר המדינה עומד על כך שמשרד הפנים, חרף המלצות נציבות האו"ם לפליטים, לא דן בהצעה לגבש מסלול הדרגתי שיאפשר לפליטים לקבל מעמד קבע בישראל, ולא שקל הצעות חלופיות.

המבקר אף עומד על כך שבשל מחלוקת בת חודשים ארוכים בין צה"ל לבין השב"כ בדבר "מסוכנותם" של כל אזרחי סודן, הוחזקו רבים מהם במעצר, וכי נוכח העובדה שראש הממשלה ושר הביטחון לא פעלו לבטל את "חזקת המסוכנות" שהוחלה עליהם, מרביתם הוחזקו במעצר ללא ביקורת שיפוטית ובלי להחיל עליהם הסדרים אחרים המאפשרים שחרור בערבות. גם לאחר שהוקמה ערכאת ביקורת על מעצרם של מבקשי המקלט, היא בחנה רק את מעצרם של מיעוט מתוך מבקשי המקלט הסודניים שנעצרו, ואף הליכים אלה התקיימו באיחור.

ביחס למעצרם של ילדים מבקשי מקלט בבית הסוהר "קציעות" מציין מבקר המדינה, כי מדובר במתקן שהוא "בעל מאפיינים של מתקן כליאה, וכי אינו מיועד להחזקה ממושכת של מאות אנשים, בהם משפחות שפוצלו, נשים וילדים".

מבקר המדינה מוסיף ומציין כי למרות התרעות היועץ המשפטי לממשלה, משרדי הממשלה לא נערכו לטיפול דחוף בבעיה ההומניטרית של מבקשי המקלט השוהים בישראל, וקובע כי נדרשת היערכות בין-משרדית הולמת לסיפוק צורכיהם של האזרחים הסודניים במגוון תחומים לגבות בריאות, שירותים סוציאליים וחינוך.

מוקד סיוע לעובדים זרים מצטרף לביקורת המוצדקת של מבקר המדינה, וסבור כי הליקויים העמוקים, שחשף מבקר המדינה, בכל הנוגע לטיפול בפליטים ומבקשי מקלט בישראל, שופכים אור על אופן התנהלותה של מדינת ישראל בשנים האחרונות. מדינת ישראל מסרבת לגבש מדיניות עקבית ביחס למבקשי מקלט ופליטים, ופועל בשיטת כיבוי השריפות, תוך אימוץ צעדים אד-הוקיים לטיפול בסוגיה הומניטרית ראשונה במעלה, שיש למצוא לה פתרונות. על ישראל להקים מערכת מקלט שתבטיח הליך הוגן למבקשי מקלט ושתאפשר לסיים את הליכי בחינת בקשותיהם למקלט בישראל בתוך פרק זמן קצר משמעותית מזה הנוכחי. כמו כן, על מדינת ישראל להימנע, ככלל, ממעצרם של מבקשי מקלט, להבטיח את זכויותיהם הסוציאליות של מבקשי מקלט, ובעיקר של הילדים שבהם, ולקבוע קריטריונים למתן מעמד קבע לפליטים, השוהים בה פרקי זמן ממושכים.

דו"ח מבקר המדינה פורסם יום לאחר שעבר בכנסת בקריאה ראשונה החוק למניעת הסתננות, הכולל מנגנונים דרקוניים למעצרם של מבקשי מקלט בכלל, ושל מבקשי מקלט סודניים בפרט, בשל טענה בדבר קומה של "חזקת מסוכנות" של אזרחי סודן. דו"ח מבקר המדינה מבהיר את הפגיעות הקשות שהיו נחלתם של מבקשי מקלט סודניים עד לאחרונה בשל אותה "חזקת מסוכנות", ואף עומד על כך ש"חזקת המסוכנות" בוטלה ביחס לאזרחי סודן. מוקד סיוע לעובדים זרים קורא לכנסת להימנע מלאשר את החוק למניעת הסתננות במתכונתו הנוכחית, בה מוחלים הסדרי מעצר וגירוש מחמירים עוד יותר על אזרחי סודן ומבקשי מקלט ממדינות אחרות המוגדרות כ"מדינות עוינות", וזאת נוכח חוסר הצדק המשווע שבהדבקת תווית של מסוכנות למבקשי מקלט אך בשל היותם אזרחי מדינה מסוימת, עליה עומד מבקר המדינה בדו"ח.